Несколько повышенный расход топлива (так как автоматика питается от двигателя), бОльшее время прогрева (ручная КПП не требует вообще прогрева), правда, инжекторный двигатель греется на спокойном ходу, как и АКПП, так что это покрывается.
Ограничения на буксировку (её и ею.)
Ремонт не то, чтобы дороже. Он проблематичен.