Насколько я помню, то обоснованные опасения такие: Когда меняют один ген (например, делая картошку несъедобной для вредителей), то одновременно еще что-то меняется (как мой муж говорит устранение одной ошибки в программе автоматически ведет к появлению трех новых :-))
Так вот то, что поменялось незапланированно, может давать неприятный эффект. Чаще всего - повышенный риск аллергии. Еще может быть токсично, причем токсины могут накапливаться и этот "побочный эффект" еще не сразу выявят... Вообщем по идее с развитием отрасли это должно становится все безопаснее и безопаснее, но пока еще так себе...
А на уровне "обыденного сознания" все боятся, что от ГМ-продуктов у них будут рождатся трехголовые и чешуйчатые дети :-)))